La Yamaha YZF-R1 lanzada dos años antes era una magnífica base a partir de la cual hacer unos ligeros retoques. Para empezar, en 2006 se pudo aumentar su potencia llegando a 175 cv gracias a unas nuevas guías de las válvulas de admisión más cortas. El chasis también recibe algunos retoques para aumentar su equilibrio. El basculante crece de longitud 20 mm para mejorar su tracción y desplazar la distribución de pesos un poco más hacia la parte delantera.
En 2006, nos enamoró una versión especial con colores amarillo, negro y blanco celebrando el 50º aniversario de la marca y basándose en los diseños que la marca utilizaba en los grandes premios de los setenta y ochenta.